法院拍卖厂房时，若仅有地契而无土地使用证，厂房过户及土地权益确认需结合地契效力综合判断。具体分以下情况：
- 若地契依法取得且已登记，具备法律效力。您可凭法院拍卖成交确认书、协助执行通知书及有效地契，向土地管理部门申请办理土地使用证过户，完成厂房及土地权益转移。
- 若地契未登记，但能证明为合法取得（如继承、合法买卖等）且无权属争议。您需先向土地管理部门申请地契权属审核与登记，确认其合法有效并完成登记后，再凭法院文件办理过户。
- 若地契存在权属争议（如多人主张权利或记载内容与实际不符等）。您需先通过法律途径解决争议，待权属明确且合法有效后，方可办理后续过户手续。

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